痛みやかゆみを生じさせる身体的な疾患によって、入眠障害や中途覚醒が起こることがあります。

たとえば、アトピー性皮膚炎や水虫のかゆみ、腰痛やがんの痛みなどは、頻繁に不眠をもたらします。

また、喘息などの呼吸器疾患や頻尿なども、同様に不眠をもたらします。

さらに、睡眠時無呼吸症候群や、睡眠中に下肢の筋肉が周期的に収縮・弛緩を繰り返すために睡眠が中断される睡眠時ミオクローヌス症候群、足がびくんとして目が覚める周期性四肢運動障害、足がムズムズして寝つけないレストレス・レッグス症候群(むずむず脚症候群)なども、不眠を頻繁にもたらします。